Agronomski i prehrambeno-tehnološki fakultet visokoškolska je znanstvena ustanova koja danas zapošljava dvadeset devet djelatnika, od toga dvadeset nastavnih i devet nenastavnih djelatnika, a kroz različite aktivnosti na Fakultetu su angažirana i 85 vanjska suradnika iz BiH i inozemstva.

Ustroj fakulteta organiziran je tako da, uz dekana, upravu čine i dva prodekana - prodekan za nastavu, prodekan za znanost i međunarodnu suradnju. Dekan Agronomskog i prehrambeno- tehnološkog fakulteta danas je dr. sc Ivan Ostojić, izv.prof., prodekanica za nastavu je dr. sc. Anita Ivanković, izv. prof, prodekanica za znanost i međunarodnu suradnju dr. sc. Adrijana Filipović, izv.prof. Radu uprave pomažu stručne službe Tajništva te voditelji - koordinatori za pojedina područja, kao što su studentska praksa, doktorski studij i ostalo. Dužnost tajnice Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta obavlja Ivana Božić, dipl. iur. Stručno tijelo Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta predstavlja Znanstveno-nastavno vijeće. Prema Statutu, Vijeće čine svi redoviti profesori, izvanredni profesori, docenti, te nastavnici i suradnici izabrani u nastavna i suradnička zvanja kao i predstavnici studenata. Sve odluke koje se odnose na planove i programe preddiplomskih, diplomskih i poslijediplomskih studija, izmjene Statuta i ostalih akta, kao i izbor profesora i suradnika provodi Znanstveno-nastavno vijeće uz odobrenje Senata Sveučilišta. Svoj doprinos uspješnom funkcioniranju Vijeća daju i povjerenstva kao što su povjerenstvo za nastavu, za doktorski studij, za kontrolu kvalitete, etičko povjerenstvo i druga.

Studijski programi

Studij je organiziran prema trostupanjskom sustavu kao preddiplomski studij u trajanju od tri godine, diplomski studij u trajanju od dvije godine i doktorski studij koji traje također tri godine. Trenutačno na Agronomskom i prehrambeno-tehnološkom fakultetu studira približno 600 studenata od čega je trinaest doktoranata na novootvorenom doktorskom studiju. Preddiplomski studij provodi se za dva studijska programa - studij Agronomije i Prehrambene tehnologije. Godišnje se na prvu godinu studija upisuje 100 studenata na studijski program Agronomije odnosno 50 studenata na studijski program Prehrambene tehnologije.

Preddiplomski studij

Opći cilj sveučilišnog preddiplomskog studija je pružiti temeljna znanja vezana za poljoprivrednu proizvodnju odnosno prehrambenu tehnologiju. Prema reformiranom programu, svi studenti prve godine preddiplomskog studija Agronomije rade po istovjetnom planu i programu, nakon čega se u drugoj godini opredjeljuju za jedan od ponuđenih smjerova - opći, bilinogojstvo, zootehnika i agroekonomika. Prediplomski sveučilišni studij Prehrambene tehnologije je općeg smjera. Tijekom preddiplomskog studija studentima se pruža mogućnost da steknu dobra, temeljna znanja, osposobe se za stručni rad u različitim područjima poljoprivredne proizvodnje, ali i da raspolažu razinom znanja potrebnom za nastavak diplomskih studija ne samo na ovom fakultetu nego i na drugim interdisciplinarnim studijima vezanim za ekologiju, zaštitu tla i voda, biologiju, legislativu, ekonomiju i ostalo. Nakon stjecanja 180 ECTS bodova, izrade i obrane završnog rada studenti stječu akademski naziv sveučilišni prvostupnik/prvostupnica Agronomije s naznakom odabranog smjera i oznakom kratice Bs (Baccalaureus) odnosno prvostupnik/prvostupnica Prehrambene tehnologije i oznakom kratice Bs (Baccalaureus).

Diplomski studij

Sveučilišni diplomski studij Agronomije odnosno Prehrambene tehnologije mogu upisati studenti koji su završili sveučilišni preddiplomski studij Agronomije odnosno Prehrambene tehnologije (180 ECTS), kao i polaznici koji su završili sveučilišne preddiplomske studije srodnih studijskih grupa uz polaganje razlikovnih ispita. Ovisno o odabiru izbornih modula, studenti sveučilišnog diplomskog studija Agronomije usmjeravaju se ka bilinogojstvu, zootehnici i agroekonomici-poljoprivreda i EU, dok je studentima Prehrambene tehnologije na raspolaganju smjer prehrambenog inženjerstva. S obzirom na razinu stečenog znanja studenti mogu nastaviti znanstvenu karijeru u institucijama koje se bave širokim spektrom istraživanja vezanih za poljoprivrednu proizvodnju i prehrambenu tehnologiju. Nakon stjecanja 120 ECTS bodova, izrade i obrane diplomskog rada studenti stječu akademski naziv magistar/magistra Agronomije s naznakom odabranog smjera i oznakom kratice mag. odnosno   magistar/magistra Prehrambenog inženjerstva i oznakom kratice mag. 

Doktorski studij

Doktorski studij Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta izvodi se kao poslijediplomski sveučilišni doktorski studij pod nazivom Poljoprivreda i zaštita okoliša. Koncept poslijediplomskog doktorskog studija sa četiri smjera - zootehnika, agroekonomika, zaštita okoliša i bilinogojstvo, predstavlja najvišu razinu integracije znanosti i najznačajniji doprinos u istraživačko-edukacijskoj sferi znanstvene djelatnosti, a utemeljen je 2013./2014. akademske godine kada je upisana prva eneracija od trinaest doktoranata. Studij se temelji na znanstvenim aktivnostima u okviru desetak trenutno aktivnih znanstvenih projekta, a kontinuitet i razvoj istraživačke djelatnosti ogleda se u povećanoj znanstvenoj aktivnosti Fakulteta posljednjih godina. Istraživački su programi pri tome osnova suradničkih istraživanja zavoda unutar Fakulteta, ali i suradnje s drugim fakultetima i znanstvenim institutima. Združena istraživanja predviđena su i samim konceptom studija koji obuhvaća četiri smjera. Studij traje šest semestara, prva dva semestra su nastavna u kojima studenti upisuju kolegije birajući između pedesetak ponuđenih kolegija. Ostali semestri predviđeni su za znanstveno-istraživački rad, pripremu publikacija i prezentacija te prijavu, izradu i obranu doktorske disertacije. Obranom doktorske disertacije pristupnik stječe akademski stupanj doktor/doktorica biotehničkih znanosti iz polja agronomije s naznakom grane odabranog smjera doktorskog studija i oznakom kratice dr. sc.

Ustrojbene jedinice Fakulteta

Zavodi su temeljne ustrojbene jedinice Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta određene na temelju povezanosti i srodnosti nastavnog, znanstveno-istraživačkog i stručnog rada, a u svom sastavu mogu imati laboratorije i pokusne poligone. Koristeći materijalna, financijska i druga sredstava kojima raspolažu, zavodi organiziraju nastavu te znanstveni i stručni rad.

Njihovo nesmetano funkcioniranje omogućavaju zajedničke službe Fakulteta, poznatije pod nazivom dekanat, koje uključuju Tajništvo s Uredom dekana, Računovodstveno-financijsku službu, Studentsku referadu, Knjižnicu, Službu za održavanje informatičkih sustava te Službu za održavanje i čišćenje.

Posebne ustrojbene jedinice predstavljaju pokusni poligon u prigradskom naselju Rodoč i novoutemeljeni Agronomski i prehrambeno-tehnološki centar.