Zavodi su temeljne ustrojbene jedinice Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta određene na temelju povezanosti i srodnosti nastavnog, znanstveno-istraživačkog i stručnog rada, a u svom sastavu mogu imati laboratorije i pokusne poligone. Koristeći materijalna, financijska i druga sredstava kojima raspolažu, zavodi organiziraju nastavu te znanstveni i stručni rad. Njihovo nesmetano funkcioniranje omogućavaju zajedničke službe Fakulteta, poznatije pod nazivom dekanat, koje uključuju Tajništvo s Uredom dekana, Računovodstveno-financijsku službu, Studentsku referadu, Knjižnicu, Službu za održavanje informatičkih sustava te Službu za održavanje i čišćenje.

Zavod za voćarstvo

Zavod za zaštitu bilja

Zavod za ribarstvo, zoologiju i zaštitu voda

Zavod za vinogradarstvo i vinarstvo

Zavod za ekonomiku i menadžment

Zavod za oplemenjivanje bilja,genetiku, sjemenarstvo,biometriku i eksperimentiranje

Zavod za botaniku, povrćarstvo i vrtlarstvo

Zavod za kemiju, biokemiju i mikrobiologiju

Zavod za pedologiju i ishranu bilja

Zavod za poznavanje i kontrolu sirovina i prehrambenih proizvoda

Zavod za mehanizaciju