Zavod za zaštitu bilja utemeljen je 2009. godine i od početka sudjeluje u izvođenju nastave u okviru različitih disciplina znanstvene grane fitomedicine na diplomskom studiju Agronomije. Osim poslova vezanih za nastavne aktivnosti i rad sa studentima, djelatnici Zavoda u suradnji s proizvođačima voćarskih, vinogradarskih i povrtlarskih kultura te uzgajivačima cvijeća i ukrasnog bilja, uvode sustav integrirane i ekološki prihvatljive zaštite bilja od štetnih organizama. Edukacija poljoprivrednih proizvođača za provođenje integrirane zaštite bilja od štetnika provodi se po načelima rada „škole u polju“.

Djelatnici Zavoda rade i na otkrivanje karantenskih i gospodarskih štetnih organizama, izvještavaju o prisutnosti, pojavi i širenju štetnih organizama, rade na procjeni rizika od štetnih organizama, razrađuju i predlažu preventivne mjere te mjere njihovog suzbijanja. Također, sudjeluju u pripremi i provedbi izvještajno prognoznih poslova i programa posebnog nadzora, dijagnosticiranja štetnih organizama u uzorcima bilja, biljnim proizvodima, tlu, vodi i drugim nadziranim predmetima radi određivanja nazočnosti primarno karantenskih štetnih organizama u sklopu programa posebnog nadzora, kao i gospodarski značajnih štetnih organizama u okviru izvještajno prognoznih poslova. U Zavodu za zaštitu bilja analiziraju se i inspekcijski uzorci kao i uzorci koje su dostavile stranke. Ti se poslovi obavljaju u Odjelu za dijagnostiku - u laboratorijima za zoologiju, fitopatologiju i nematologiju.

U području biljnog zdravstva i dijagnostike, djelatnici Zavoda pružaju znanstvene i stručne usluge mjerodavnim tijelima uprave, a poslovi Zavoda vezani su i za organiziranje i provedbu stručnog osposobljavanja osoba odgovornih za zdravstvenu zaštitu bilja, sudjelovanje u stručnom usavršavanju fitosanitarnih inspektora, uposlenika u poljoprivrednim ljekarnama i korisnika sredstava za zaštitu bilja.