Povezivanje nastavnog i znanstveno-istraživačkog rada temeljna je misija Zavoda za ribarstvo, zoologiju i zaštitu voda. Uz sudjelovanje u izvođenju nastave na preddiplomskom i diplomskom studiju, Zavod vrši temeljna i primijenjena znanstvena istraživanja okviru različitih disciplina znanstvenih grana ribarstva, zoologije, ekologije i zaštite okoliša (voda). Time se studentima pruža mogućnost da se na najučinkovitiji način upoznaju s metodama bioloških istraživanja na terenu.

Za potrebe gospodarstva, Zavod pruža sve vrste konzalting usluga, provodi laboratorijska, terenska i daljinska ispitivanja sa svrhom izrade ribarskih osnova, stručnih podloga, elaborata i studija utjecaja na okoliš 20 (tehnička mjerenja i ispitivanja na terenu, laboratorijske analize uzoraka), provodi istraživanja u svrhu otkrivanja i suzbijanja zagađivača ekosustava, provodi monitoring program u cilju nadzora i procjene stanja živih resursa voda kao i ispravnosti hrane iz voda, obavlja stručne poslove zaštite voda, organizira znanstvene skupove i radionice, a sukladno razvoju znanosti i gospodarskim prilikama razvija i druge aktivnosti koje su po svojoj prirodi u vezi s temeljnom djelatnošću Zavoda, odnosno služe obavljanju navedenih aktivnosti.