Ne čekajući donošenje zakona o studentskom organiziranju u BiH, Sveučilište u Mostaru utemeljilo je 2000. godine po uzoru na europske standarde Studentski zbor, studentsko predstavničko tijelo koje svoj legitimitet crpi iz studentskih izbora koji se provode svake godine. Izabrani studentski predstavnici sudjeluju u radu tijela Sveučilišta i njegovih članica te zastupaju studentske interese.
Podružnica Studentskog zbora od samog početka studentskog organiziranja djeluje i na Agronomskom i prehrambeno-tehnološkom fakultetu. Pored svoje temeljne zadaće zastupanja studentskih interesa u tijelima Fakulteta, Sveučilišta i drugim organizacijama od značaja za studente, podružnica Studentskog zbora radi na unapređenju kvalitete studiranja, međusobnom povezivanju studenata svih studijskih programa, razvijanju studentske svijesti te poticanju i provođenju izvannastavnih aktivnosti studenata. Podružnica Studentskog zbora bavi se i pitanjima međunarodne suradnje studenata prvenstveno s ciljem organizacije stručnih praksi u inozemstvu te uključivanja što većeg broja studenata u međunarodne projekte, stručne seminare, kulturnu razmjene, treninge, radionice i natjecanja. Dosadašnji predsjednici podružnice Studentskog zbora bili su: Zoran Raič, Dragan Jurković, Luka Popović, Petar Penava, Ana Šljivić, Marta Pavlović, Luka Bjeliš i Marina Lavrić. 
Jedna od značajnijih studentskih aktivnosti je sudjelovanje u aktivnostima IAESTE, udruženja za međunarodnu razmjenu studenata tehničkih i prirodnih znanosti radi stručnog usavršavanja u svijetu koje od 2006. godine ima ured u Mostaru. Među prvim studentima Sveučilišta u Mostaru koji su iskoristili pogodnosti stručnog usavršavanja u inozemstvu bile su Matea Pehar i Ana Marić koje su ljeto 2007. provele na stručnom usavršavanju u Češkoj i Grčkoj.
Svoje znanje, sposobnosti i slobodno vrijeme studenti svih godišta ulažu i u različite izvannastavne aktivnosti na matičnom fakultetu i Sveučilištu putem kojih se kreativno izražavaju, na zanimljiv i njima prepoznatljiv način populariziraju znanost, umjetnost i šport, ali i sudjeluju u različitim humanitarnim akcijama.
Posljednjih godina studenti Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta Sveučilišta u Mostaru redovito sudjeluju na Agronomijadi, studentskoj manifestaciji koja svake godine okuplja studente brojnih fakulteta i visokoškolskih ustanova iz područja biotehničkih znanosti u regiji s ciljem znanstvenog usavršavanja, natjecanja u kvizovima znanja, izlaganja znanstvenih radova, promocije fakulteta, ali i nadmetanja u različitim športovima i ostvarivanja kontakata za buduću suradnju među fakultetima. Uz obilje zabave i druženja s kolegama srodnih fakulteta, studenti Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta redovito osvajaju i nagrade na športskim turnirima u čemu prednjače članice ženske malonogometne ekipe koje redovito osvajaju prva mjesta.
Opredijeljenost za zaštitu prirode i očuvanje okoliša kao temeljnih vrijednosti društva odnosno upravljanje prirodnim resursima kroz primjenu odrednica održivog razvoja, studenti Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta pokazuju i kroz rad udruge ProtEUS - ekološke udruge studenata agronomije koja je odnedavno i nakladnik studentskog lista Trut(h).
Trut(h) je naziv list studenata Agronomskog i prehrambeno-tehnološkog fakulteta Sveučilišta u Mostaru. Riječ je o periodičnom izdanju čiji je prvi broj tiskan u prosincu 2007. godine zahvaljujući entuzijazmu uredničkog dvojca koji su činili studenti Petar Penava i Luka Popović. Samo ime Trut(h) nastalo je s jedne strane kao ironičan prikaz nezainteresiranosti tadašnjih generacija za bilo kakav studentski aktivizam, a s druge strane kao izraz uređivačke politike lista da se bavi „istinom i samo istinom“. List je registriran kod Ministarstva prosvjete, znanosti, kulture i športa pod brojem R-05-05-40-2165-93/07, a prvi broj u svojstvu nakladnika potpisuje Fakultet. Isti urednički dvojac priredio je i drugi broj lista koji je do još uvijek više-manje nezainteresiranih studenata stigao u rujnu 2008. Nakladu je preuzela udruga ProtEUS, članci su kategorizirani u rubrike, ali je sarkazam na račun studentske pasivnosti ostao isti. Nakon stanke duge šest godine, u lipnju 2014. izišao treći broj Trut(h)-a koji urednički potpisuju., a uz novosti iz studentskog života u Trut(h)-u su obrađene brojne stručne teme iz područja agronomije, nutricionizma i mikrobiologije.