Sveučilište u Mostaru dobilo je rješenje o institucionalnoj akreditaciji od strane Ministarstva prosvjete, znanosti, kulture i športa HNŽ-a na preporuku Agencije za razvoj visokog obrazovanja i osiguranje kvalitete Bosne i Hercegovine. Preporuka je izdata na temelju mišljenja Povjerenstva stručnjaka u kojem sudjeluju predstavnici akademske zajednice, studenata, tržišta rada te međunarodni stručnjaci, a koje je imenovala Agencija.

Ovime se osigurava jednakovrijednost diploma stečenih na Sveučilištu s ostalim europskim visokoškolskim institucijama. Nakon ocjene usklađenosti rješenja o akreditaciji s minimalnim standardima iz područja visokog obrazovanja i kriterijima za akreditaciju visokoškolskih ustanova izvršit će se upis Sveučilišta u Mostaru u Državni registar akreditiranih visokoškolskih ustanova u BiH. 

Proces akreditacije visokoškolske ustanove odnosi se na ispunjenje kriterija koji vrijede na razini BiH. Neki od kriterija su: razvoj i strategija visokoškolske ustanove; sustav unutarnjeg osiguranja kvalitete; postupci za ocjenjivanje studijskih programa; postupci za ocjenjivanje studenata, ljudskih i fizičkih resursa; informacijski sustav; komuniciranje s unutarnjim i vanjskim javnostima i međunarodna suradnja.