Zavoda za botaniku, povrćarstvo i vrtlarstvo utemeljen je 2006. godine na 78. sjednici Fakultetskog vijeća. Od utemeljenja do danas u sklopu Zavoda kontinuirano se održava nastava iz svih područja znanstvene grane botanike koja su uključena u nastavne planove i programe preddiplomskih i diplomskih studijskog  programa Agronomije.

Najupečatljiviji oblik nastave botanike, u kojem najviše uživaju studenti i njihovi nastavnici, jest terenska nastava.Znanstvena i stručna djelatnost fokusirana je na floristička, morfološko-anatomska i ekofiziološka istraživanja različitih kultiviranih i samoniklih vaskularnih biljnih vrsta domaće flore. Djelatnici Zavoda osposobljeni su za pružanje znanstveno-stručnih usluga kao što su determinacija biljnih vrsta te izrada ekoloških studija i procjena stanja biljne raznolikosti.

Kada je riječ o znanstvenoj grani povrćarstva, kroz nastavni proces na preddiplomskom i diplomskom studiju polaznike se nastoji upoznati s preduvjetima i osnovnim elementima za uspješnu povrtlarsku proizvodnju kao i obilježjima suvremene tehnologije uzgoja povrća na otvorenom i u zaštićenim prostorima. Prenošenjem znanstvenih saznanja u praksu djelatnici Zavoda nastoje educirati proizvođače da implementiraju nove suvremene tehnologije u proizvodnji. U istraživanjima koje provodi Zavod, dan je naglasak na proizvodnju kvalitetnih presadnica s aspekta primjene suvremenih tehnoloških rješenja, a provodi se i niz aktivnosti u svrhu očuvanja i zaštite od trajnog nestajanja postojećih starih domaćih autohtonih populacija povrća. Kvalitetna suradnja s drugim znanstveno- istraživačkim institucijama u BiH i inozemstvu ostvarena je kroz znanstveno-istraživačke projekte i stručne djelatnosti izrade programa, elaborata i brošura iz oblasti povrtnog i hortikulturnog bilja. Područje ukrasnog bilja obuhvaća cvjećarstvo i parkovnu dendrologiju. Istraživanja se provode u području vrtlarstva, cvjećarstva, parkovnog bilja, dendrologije i vrtne tehnike, na glavnim cvjećarskim kulturama, kako na otvorenom tako i u zaštićenom prostoru.

Djelatnici Zavoda sudjeluju u izradi programa proizvodnje sadnog materijala cvjećarskih i drvenastih kultura, te istraživanju mogućnosti njihove primjene za vrtove i javne zelene površine, a provode se istraživanja ukrasnih biljnih vrsta ruralnih vrtova, te proizvodnja i primjena ukrasnog bilja za interijere.